李昌钰刑侦科学博物馆先后被授予“中国华侨国际文化交流基地”，江苏省“科普教育基地”“中华文化海外交流基地”“优秀科普教育基地”“法治文化建设示范点”，南通市“社会主义核心价值观教育基地”“爱国主义教育基地”“思想政治教育基地”等荣誉称号。2024年8月，李昌钰刑侦科学博物馆被评定为国家二级博物馆。